Mozog automatickej závlahy je ovládacia jednotka, na ktorej sa naprogramujú dni polievania, interval polievania a čas kedy jednotlivé sekcie majú zavlažovať. Princíp závlahy je nasledovný: Ovládacia jednotka, ktorá je priamo prepojená s elektroventilmi umiestnenými v rozvodnej šachte závlahy dá impulz elektroventilu, ktorý spustí zavlažovanie jednej sekcie ( každá vetva - sekcia má svoj vlastný elektroventil ). Ten sa otvorí a tlakový spínač na čerpadle ( môže byť aj externý - pokiaľ nieje čerpadlo vybavené spínačom ) pri poklese tlaku v systéme zapne čerpadlo umiestnené v studni. V prípade napojenia z vodovodu, otvorí prívod mestskej vody. Týmto spôsobom dá ovládacia jednotka signál každému elektroventilu, ktorý je v šachte v závislosti od počtu sekcií danej závlahy. V prípade prirodzených zrážok je automatická závlaha vybavená zrážkovým čidlom, ktoré je pripojené priamo k ovládacej jednotke a postará sa o dočasné pozastavenie zavlažovania. Akonáhle čidlo vyhodnotí nulové prirodzené zrážky, celý systém opäť aktivuje.